El Cabildo, el 22 de agosto de 1562, insiste en la súplica del P. Estrada Rávago como su “pastor y prelado”, fundándose en sus méritos y servicios, e informan al Rey de la labor emprendida por dicho clérigo, no sólo al frente de la empresa colonizadora –en la que le atribuyen el mérito de su continuación–, sino también y sobre todo como sacerdote: “predicando y doctrinando la ley evangélica, así a los españoles como a los naturales, atrayendo a los dichos naturales a nuestra práctica y conversión, y así de todos ellos es querido y amado y respectado”.
Los conceptos que expresa este documento testimonian el inicio propiamente dicho de la tarea evangelizadora de forma permanente en nuestro territorio, por parte del P. Juan de Estrada Rávago, a quien, por tanto, debemos considerar su iniciador.
Pero, la obra iniciada por la empresa de Cavallón y el P. Estrada Rávago debía ser consolidada, pues estaba por perderse todo lo realizado –a pesar de los esfuerzos realizados por el Vicario General para sostenerla–, dado el paulatino regreso a Nicaragua de los españoles que habían llegado a Costa Rica, ante la difícil situación que enfrentaban y la carencia de hallazgos auríferos de importancia que reivindicaran sus inversiones.
Así las cosas, la Audiencia de Los Confines el 2 de abril de 1562 nombra Alcalde Mayor de la Provincia de Costa Rica a Juan Vázquez de Coronado y Anaya (1562-1565), quien hasta entonces fungía como Alcalde Mayor de Nicaragua, otorgándole la autoridad sobre las dos jurisdicciones. El nuevo Gobernador llega a Garcimuñoz pocos días antes del 20 de noviembre de 1562.
El P. Juan de Estrada Rávago, según lo había anunciado tiempo antes, parte de Costa Rica a finales de 1562. Luego de un período de estadía en Nicaragua se traslada a España, para presentar al Rey las necesidades de la Provincia, obteniendo permiso de la autoridad eclesiástica, el 9 de agosto de 1564. Dos días antes de esa fecha, el 7 de agosto de 1564, el Cabildo eclesiástico de León, ante la muerte del Obispo electo Lázaro Carrasco (1556-1562), solicita al Rey que envíe un sucesor ya ordenado Obispo y, recomiendan para ello al P. Estrada Rávago, quien justamente está por partir hacia España.
Pero, ya el 28 de abril de 1564, el Papa Pío IV (1560-1565), por petición de la Corona, había proveído al Deán de la Catedral de Guatemala, Lic. Luis de Fuentes como nuevo Obispo de León (1564-1565); pues, desde el 4 de octubre de 1563, el Rey le había comunicado al P. Fuentes su decisión de presentarlo como nuevo Obispo, lógicamente sin que lo supiera el Cabildo. Sin embargo, no deja de ser significativo el hecho de que, también el Cabildo de León, haya considerado el nombre del P. Estrada Rávago, pues habla bien de sus cualidades y de su actuación.
Juan Vázquez de Coronado se va a preocupar por fortalecer lo actuado por Cavallón y el P. Estrada Rávago en Costa Rica. En sendas expediciones, entre 1563 y 1564, recorre el sur del territorio por el Pacífico, la zona del Caribe llegando hasta los confines de la Provincia colindantes con Panamá y la parte norte; logrando alcanzar la paz con los caciques indígenas, manteniéndose alzados únicamente los caciques Garabito y Quizarco en el Pacífico central. Así se adquiere por vez primera una visión integral del territorio de Costa Rica.
El estilo de “pacificación y población” de Juan Vázquez de Coronado era diametralmente opuesto al del resto de los conquistadores, no en un contexto aislado, exclusivo o extraño, sino más bien en el espíritu de las ya mencionadas “Leyes Nuevas” (1542-1543).
Por ello, el Alcalde Mayor manifiesta en varias de sus cartas, y cada vez con mayor insistencia, la necesidad que tiene de sacerdotes, según él preferiblemente religiosos, para “doctrinar a esta gente”; súplicas e informes que manifiestan la situación eclesiástica de esta Gobernación naciente, en la que ni siquiera hay un número mínimo de sacerdotes o religiosos.
Efectivamente, desde el punto de vista eclesiástico, en enero de 1563 permanece con Vázquez de Coronado únicamente el fraile premonstratense Fray Martín de Bonilla, quien había llegado a Costa Rica con él. Para abril del mismo año se les une el franciscano Fray Pedro de Betanzos, “que había venido desde Guatemala a cooperar en su labor”. Poco después, en abril de 1564, se unen los también franciscanos Fray Lorenzo de Bienvenida, Fray Diego de Salinas y Fray Melchor de Salazar, quienes habían venido a fortalecer la empresa espiritual, por la que tanta preocupación había mostrado Vázquez de Coronado.
Es el inicio de la presencia exclusiva de los franciscanos en Costa Rica por mucho tiempo, y un antecedente para la posterior creación de la Custodia franciscana de Cartago, en 1571, y de la Provincia franciscana de San Jorge de Nicaragua y Costa Rica, en 1576.
