El año 1535, llamado por el obispo, marchó a Córdoba donde conoció a fray Luis de Granada. Allí organizó predicaciones por los pueblos obteniendo muchas conversiones de personas importantes. Dedicó también mucho tiempo al clero para quien fundó centros de estudios como los colegios de San Pelagio y de la Asunción.
Desde 1551 comenzó a sentirse enfermo. Las molestias de su enfermedad le obligaron a residir en Montilla hasta su muerte. Su retiro le dio la posibilidad de escribir con calma sus cartas y preparar mejor sus sermones y tratados. Las cartas de Juan de Ávila llegaban a todo rincón de España e incluso de Roma. De todas partes le pedían consejo obispos, personas de gobierno, sacerdotes y seminaristas, discípulos, conversos, personas humildes, enfermos, religiosos y religiosas.
Murió el 10 de mayo de 1569. Santa Teresa, al enterarse de la muerte de Juan de Ávila, se puso a llorar. Cuando le preguntaron por qué lloraba, respondió: “Lloro porque la Iglesia de Dios pierde pierde a una gran columna”. Fue beatificado el 4 de abril de 1894 por el Papa León XIII. Pío XII lo declaró Patrono del clero secular español el 2 de julio de 1946, y el Papa Pablo VI lo canonizó el 31 de mayo de 1970.
El 7 de octubre de 2012 su nombre fue agregado a la lista de Doctores de la Iglesia por el Papa Benedicto XVI.
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