Debido a las muchas conversiones que logró en su ciudad natal, el santo fue desterrado por las autoridades; entonces San Apolinar fue a predicar a Bolonia, pero de nuevo tuvo que partir al exilio y durante la travesía, naufragó en las costas de Dalmacia, donde fue maltratado por predicar el Evangelio. Apolinar volvió tres veces a su sede, y otras tantas fue capturado, torturado y desterrado nuevamente.
Vespaciano publicó un decreto por el que condenaba al destierro a todos los cristianos; San Apolinar consiguió esconderse algún tiempo, pero fue descubierto por el pueblo quien lo golpeó hasta dejarlo muerto.
San Pedro Crisólogo, el más ilustre de los sucesores del santo, lo calificó de mártir, y añadió que Dios preservó la vida de Apolinar durante largo tiempo para bien de su iglesia, y no permitió que los perseguidores le quitasen la vida.
Sobre su tumba, en Rávena, se edificó siglos más tarde la célebre Basílica de San Apollinare in Classe, de tres naves, consagrada en 549. Más tarde, en el siglo nueve, fue construida también ahí la iglesia de San Apollinare Nuevo.