Durante el segundo mandato de don Braulio Carrillo Colina (1835-1837, 1838-1842), en el que el 14 de noviembre de 1838 declaró a Costa Rica como Estado libre e independiente, es comprensible que se reavive el deseo de alcanzar también la autonomía en lo eclesiástico.
Don Braulio Carrillo escribía al Vicario General, P. José Gabriel del Campo en 1840: “desengañémonos, dos familias diferentes no pueden vivir bajo un mismo techo; nosotros debemos tener lo nuestro”.
En medio de este clima de nacionalismo, en 1841, don Braulio Carrillo, encarga al P. Doctor Jorge Viteri y Ungo, nombrado legado ante la Santa Sede de los Gobiernos de El Salvador, Honduras y Nicaragua, para que presentara al Papa Gregorio XVI (1831-1846) la petición de la separación de Costa Rica de la sede de León.
Los empeños de Carrillo Colina en esta dirección obedecían no sólo a la idea que de antiguo abrigaba de lograr la independencia eclesiástica, sino también al reciente malestar por las disposiciones de la Vicaría Capitular de León, que había pretendido restringir al Vicario General de Costa Rica en algunas de sus funciones, y estaba generando tensión por el nombramiento de sacerdotes nicaragüenses en Guanacaste.
El P. Viteri y Ungo logró, el 28 de setiembre de 1842, que el Papa Gregorio XVI decretara la erección de la Diócesis de El Salvador y, el 27 de enero de 1843, el Romano Pontífice lo nombró Obispo de la nueva sede (1843-1846). En Costa Rica se festejó como algo propio, pues tanto el Gobierno, presidido por don José María Alfaro Zamora (1842-1844, 1846-1847), como el clero nacional, confiaban que los buenos oficios del ahora nuevo Obispo dieran el fruto esperado.
Por razones políticas, el Obispo Viteri y Ungo fue desterrado de El Salvador en julio de 1846 y se trasladó a Nicaragua. A fines de 1847, el Gobierno de Costa Rica, presidido por don José María Castro Madriz (1847-1849; 1866-1869), desilusionado de las gestiones de Viteri y Ungo, dio por terminada su comisión.
Don Cleto González Víquez (1858-1937) es de la opinión que el Obispo Viteri y Ungo sí se interesó por el asunto, pues según él, por su mediación el Papa Gregorio XVI habría decretado la erección de la Diócesis de Costa Rica el 17 de mayo de 1844, pero no se emitieron las bulas. Para González Víquez faltó presentar el informe del Cabildo de León, que dio largas para no enviarlo, y que aprovecharon el cambio de Romano Pontífice en 1846, pues no estaban interesados en la erección del obispado costarricense, para no ver disminuidas sus rentas. Mons. Sanabria (1899-1952) opina que, de ser cierta esta información –la cual debe ser verificada–, hicieron falta los fondos para la emisión de las bulas, como lo indica el Obispo Viteri y Ungo en su correspondencia, o el Obispo no pudo continuar con su tramitación, por las dificultades políticas que enfrentó en El Salvador. El asunto queda poco claro.
El 31 de agosto de 1848 Costa Rica se declaró República independiente y el señor Castro Madriz se convirtió en su primer Presidente. Poco más de un mes después, el 10 de octubre, el clero costarricense presidido por el Vicario General, el P. José Rafael del Carmen Calvo Rosales, envió al Presidente, una carta desde Cartago, en la que le solicitan interponga sus buenos oficios para obtener la erección del obispado.
El Presidente Castro Madriz, no sabemos si motivado por esta carta del clero –aunque lo insinúa– o por qué razones, decretó unilateralmente la erección de la Diócesis de San José de Costa Rica, el 12 de diciembre de 1848. Como en 1825, el Dr. Castro Madriz cree que posee los derechos del antiguo Patronato español, olvidando que el mismo es concesión de la Santa Sede y no derecho propio. Los alcances de este decreto son limitados, pues parece que el mismo no se hizo público; pero es significativo, pues expresa el fuerte anhelo nacional por contar con la Diócesis.
En julio de 1849, el Gobierno del Dr. Castro Madriz había protestado contra nuevas restricciones del Vicario Capitular de Nicaragua a la jurisdicción del Vicario General de Costa Rica. Estaba también de por medio el temor de que las influencias del Gobierno de Nicaragua hicieran que las parroquias de Guanacaste, territorio todavía en disputa, se proveyeran con nicaragüenses, cuya influencia podría perjudicar nuestro derecho; el asunto no pasó a más, pero estas fricciones hacían sentir más urgencia en la necesidad del obispado propio.
En este contexto, el 5 de noviembre de 1849, el Obispo Jorge Viteri y Ungo fue nombrado Obispo de León (1849-1853), aún de Nicaragua y de Costa Rica (1849-1850), y toma posesión de la sede el 16 de junio de 1850. Mientras Costa Rica sigue en espera.
