En 1700 la única doctrina que existía en Talamanca era la de San Francisco de Térraba, fundada por Fray Pablo de Rebullida en su estadía anterior en la zona, pero en la parte del Pacífico.

Fray Francisco de San José estuvo de nuevo internado en el Caribe, con la compañía de soldados, entre 1701 y 1703. Expedición larga y costosa, que no reportó ningún provecho a las misiones, por el rechazo de los indígenas y las dificultades con el mal tiempo y las condiciones geográficas de la zona, aparte del dudoso papel que jugó el fraile involucrado en el oscuro negocio del contrabando de esclavos afrodescendientes traídos de Jamaica y vendidos en Matina, por lo que fue investigado por sus superiores.

Por su parte, Fray Pablo de Rebullida, desde 1701, junto con otros frailes, y siempre con la presencia de escoltas de soldados, logró consolidar la presencia misionera, sacando indígenas de la zona para poblarlos en Térraba, pues debían enfrentar también las incursiones de los piratas ingleses y de los zambos mosquitos y las guerras entre los mismos grupos indígenas -terbis, chánguenas, bribris, cabécares, talamancas-.

Hacia 1707 lograron fortalecer los poblados de San Mateo de Chirripó, San Bartolomé y Santo Domingo de Urinama, San José Cabécar de reciente fundación, entre otros, todos al interior de Talamanca.

Pero, el 28 de setiembre de 1709, el cacique bribri Pablo Presbere -junto al cacique cabécar Comesala- inició una sublevación general.

Mataron a Fray Pablo de Rebullida en San Bartolomé de Urinama y a Fray Antonio Zamora en San Mateo de Chirripó. Fray Antonio de Andrade apenas pudo huir desde San José Cabécar, siendo perseguido hasta las cercanías de Tuis. Los indígenas asesinaron a un importante número de soldados y miembros de sus familias, quemaron las 14 iglesias y conventos y destruyeron los poblados.

Después vino el castigo. En febrero de 1710, el Gobernador Lorenzo Antonio de Granda y Balbín (1707-1712) se enrumbó por dos frentes hacia Talamanca en cruel expedición punitiva; con ella iba Fray Antonio de Andrade -testigo impasible de las crueldades cometidas-. Se tomaron 700 prisioneros, de los cuales sólo 500 llegaron a Cartago, los demás lograron escapar en el camino.

Pablo Presbere fue condenado a muerte en Cartago el 1º de julio de 1710. Fue fusilado el 4 de julio, luego su cabeza fue cortada y colocada en lo alto de un palo, para que “sirviera de escarmiento a todos los indígenas de la Provincia” -el 19 de marzo de 1997, la Asamblea Legislativa con toda justicia lo declaró “defensor de la libertad de los pueblos indígenas”-.

Los demás indígenas sacados de Talamanca fueron “distribuidos” entre los vecinos de Cartago; aunque debido a las duras condiciones a las que fueron sometidos muchos murieron.

La sublevación quedaba castigada, pero Talamanca no estaba conquistada y menos convertida; en un momento en que ya prácticamente todos los territorios latinoamericanos estaban sometidos; por lo que la conquista de Talamanca, fruto de la valerosa resistencia indígena, constituye una particularidad -unida únicamente a regiones de la Amazonía y de Chile-.

En 1742 se retoman los esfuerzos para la misión desde San Francisco de Térraba -única doctrina que permanecía- y la fundación de efímeros poblados en las regiones aledañas a Talamanca en Tuis, Pejibaye, Atirro, Tucurrique y Cabagra.

En 1747 se fundó el pueblo de Nuestra Señora del Pilar de Tres Ríos con indígenas cabécares y talamancas sacados de la región -que pasó a manos de los sacerdotes diocesanos, como coadjutores del cura de Cartago, en 1771-.

A inicios de 1756, comienza la construcción de la iglesia y del convento que aún se conservan en Orosi. Dicho pueblo se formó con indígenas de las extinguidas doctrinas de San José de Pejibaye y de Jesús del Monte, cuyo traslado estaba ya terminado en 1765. Orosi recibió el nombre de “reducción de Talamanca”, pues ahí poblaban a los indígenas que salían de la montaña y mantenían contacto con las tribus de la zona; luego trasladaron allí la Presidencia de las Conquistas de Talamanca y tuvo residencia el superior de las misiones recoletas.

En 1761 hubo un nuevo levantamiento de los indígenas terbis en el pueblo de Nuestra Señora de la Luz de Cabagra; pero durante la primera mitad del siglo XIX, las misiones estaban regularmente organizadas, sobre todo las de Orosi y San Francisco de Térraba. En 1800 había en las dos misiones unos 1000 indígenas, 650 en Orosi y 350 en Térraba.

Mons. Thiel comenta que, a partir de su primera visita episcopal a la región, en un contexto muy distinto, desde 1895 quedaron establecidas las misiones, ahora en manos de los padres vicentinos o paulinos; pues cada año se visitan las montañas de La Estrella, Chirripó, Coén, Lare, Uren y Teliri, concluyendo que “con paciencia, tino y buen ejemplo se logrará en el siglo XX formar varias poblaciones nuevas en Talamanca”.

Las misiones de Talamanca constituyen uno de los capítulos fundamentales de la estructuración eclesiástica costarricense, lleno de heroísmo y entrega por parte de los franciscanos; pero que también debe ser visto desde la perspectiva indígena como el intento de luchar por la defensa de su cultura y de su libertad.