Costa Rica durante toda la colonia vivió una situación de marginalidad y de aislamiento en relación con el resto de las Provincias centroamericanas, dada la baja densidad de población aborigen, la ausencia de minas y la falta de adecuados sistemas de comunicación con las Provincias vecinas. Uniéndose a ello, el monopolio comercial de la actividad portuaria en los centros establecidos previamente al dominio efectivo de Costa Rica, sobre todo en Panamá -con la ciudad de Panamá en el Pacífico y el puerto del Nombre de Dios en el Caribe-. Todo lo cual hará de nuestra Provincia un territorio que crece muy lentamente, con una economía de subsistencia y escasa actividad comercial exterior.
En lo eclesiástico, el 1º de mayo de 1571 los religiosos franciscanos residentes en Cartago celebraron su primer capítulo y nombraron a Fray Lorenzo de Bienvenida primer Custodio, pues ese mismo año se había fundado la Custodia franciscana de Costa Rica. Luego, en 1576, tuvo lugar la fundación de la Provincia franciscana de San Jorge de Nicaragua y de Costa Rica, siendo elegido primer Provincial, Fray Pedro de Ortiz.
En el lapso comprendido entre 1570 y 1574 se fundaron las doctrinas de Curridabat, Aserrí, Pacaca, Barva, Ujarrás y Quepos, las primeras y más antiguas de la Provincia –no Parroquias, sino doctrinas– atendidas pastoralmente por los frailes franciscanos.
Los franciscanos tuvieron serias dificultades con los Gobernadores de la Provincia, particularmente por los “repartimientos” de indígenas, que eran verdaderas encomiendas de servicios –con todo y su prohibición– y por los abusos y la explotación cometidos contra “los naturales”. Además, los religiosos padecieron la falta de recursos humanos y materiales que fueron constantes en todo este período.
Los frailes padecían en carne propia los levantamientos de los indígenas, producto de los maltratos de que eran objeto. Digno de mención es la muerte, por manos de los indígenas de Quepos, de Fray Juan Pizarro en 1581, primer franciscano que muere en tierras costarricenses en manos de los indígenas, en circunstancias no del todo claras, pero que evidencian las serias dificultades que debían enfrentar los religiosos.
El 25 de enero de 1596 el Cabildo civil de Cartago, en tono casi de lamentación, se dirige al Rey: “Esta Provincia de Costa Rica hace treinta y tantos años que en nombre de vuestra Majestad se entró a poblar y conquistar. En todo este tiempo nunca ha venido Obispo; tiénelo vuestra Majestad dado por cercanía al de Nicaragua. Los más que al presente viven, son criados y nacidos en ella, porque de los que la conquistaron hay pocos, y éstos aquí nacidos están por confirmar y lo estarán hasta que vuestra Majestad en su mucha cristiandad lo remedie. No es tierra que sufre Obispo por ser pobre y por lo propio el de Nicaragua no vendrá a ella”.
Resaltamos cómo se invoca la pobreza de la Provincia, para afirmar que por ello no tiene Obispo propio. Costa Rica, como sabemos, desde 1565 formó parte de la Diócesis de León y contaba con un Vicario General propio.
No sólo la Provincia en general y los religiosos sufren penurias económicas, sino también los Obispos de Nicaragua y de Costa Rica constantemente escriben informes, dando cuenta de la pobreza que vivía su Diócesis, al punto que ni siquiera se tenían en la Catedral de León el mínimo de los miembros del Cabildo.
Al final del siglo XVI en Costa Rica solamente se encuentran pobladas por españoles y, por tanto, constituidas en Parroquias las ciudades de Cartago y de Esparza. Además, se tienen dos conventos que los franciscanos fundaron también en Cartago y en Esparza, y las diversas doctrinas que atienden los mismos frailes en Curridabat, Aserrí, Pacaca, Barva, Ujarrás, Quepos, Cot y Turrialba. Continuando los religiosos su labor de denuncia de los abusos que se cometen contra los indígenas.
Existían en Cartago al menos cuatro cofradías –asociaciones de piedad o de caridad de los fieles, que promovían el culto público tributado a Dios o a algún santo–. La más antigua era la de Nuestra Señora del Rosario fundada en 1577; la segunda la del Santísimo Sacramento, fundada entre 1577 y 1580; la tercera la de la Santa Vera Cruz, aprobada por el Obispo de León en marzo de 1580, y establecida en Cartago el 3 de mayo de 1582; y la cuarta la de La Pura y Limpia Concepción, probablemente fundada en 1593. De estas cofradías, dos eran parroquiales, la del Rosario y la del Santísimo Sacramento, y dos del Convento de San Francisco, las de la Vera Cruz y la de La Purísima.
A inicios del XVII la Colonia está consolidada y la cristianización iniciada, aunque continúan los esfuerzos por afianzarla en medio de las penurias descritas.
