Una vez vencidas las dificultades con el Gobernador de Nicaragua, Rodrigo de Contreras (1535-1544), que se opuso a la creación de la nueva Provincia y, luego de dos años de permanecer en Nicaragua, el Gobernador de Cartago logra ingresar en el territorio a él confiado, a finales del mes de octubre o a inicios del de noviembre de 1543. Lo hace por el cauce del río Suerre -actual río Pacuare-, funda tierra adentro la Villa de Santiago y toma presos en sus cercanías a los caciques Camaquiri y Cocorí.
Continúa avanzando hacia la Cordillera Central del territorio, logrando cruzarla por las cercanías del volcán Turrialba y, poco después, Diego Gutiérrez y sus hombres son víctimas de una emboscada en el mes de diciembre de 1544, en manos de Camaquiri -quien había logrado escapar- y de otros grupos indígenas que se habrían aliado con él. En dicha emboscada muere el mismo Diego Gutiérrez y la mayor parte de sus hombres, según lo relata un testigo ocular, el italiano Girolamo Benzoni. Con su muerte desaparece la recientemente creada “Provincia de Cartago”.
Poco más de un año antes, el 30 de noviembre de 1543, Diego Gutiérrez había escrito al Rey para informarle de la fundación de la Villa de Santiago, pedirle el nombramiento del Cabildo civil para la misma y el suyo como Gobernador de Nicaragua, así como el merecido reconocimiento para el clérigo Francisco Bajo, que estaba con él, y que será uno de los pocos sobrevivientes de dicha empresa.
En la respuesta del Príncipe Gobernador, don Felipe II (1527-1598), mediante Real Cédula en Valladolid, del 9 de mayo de 1545 -ya cuando Diego Gutiérrez había muerto y la Villa de Santiago no existía-, no se acepta su petición de ser nombrado Gobernador de Nicaragua, dada la reciente creación de la Audiencia de Los Confines que suspendía tal cargo, le hace otras concesiones solicitadas en su carta, autoriza el nombramiento del Cabildo civil y de los regidores de la nueva fundación y se recomienda al P. Francisco Bajo para cura de Santiago, indicando que le escribiría al Obispo de Nicaragua, Fray Antonio de Valdivieso Álvarez O.P. (1544-1550), por ser el más cercano, para que proveyera clérigos a esta Provincia.
La Real Cédula comenta la dificultad que encontró Diego Gutiérrez para llevar al menos un sacerdote a la expedición de su gobernación, confirmando el estado de abandono, incluso eclesiástico, en el que estaba el territorio de Costa Rica. Y refleja otro intento de la Corona, una vez que se le informa del ingreso y del asentamiento español en este territorio, de perpetuar su presencia mediante la organización civil y eclesiástica de esta porción de sus dominios que aún no estaba bajo su pleno control. Intento que se vio frustrado, por la ya señalada muerte de Diego Gutiérrez y el abandono de la Villa de Santiago.
Efectivamente, el Príncipe Felipe II dirige una Real Cédula en Valladolid al Obispo de Nicaragua, Valdivieso Álvarez, el mismo 9 de mayo de 1545, por cuyo medio le confía la atención de la “Provincia de Cartago”, no de Costa Rica aún, pues se trata de la Provincia temporal creada en 1540 -no habla de Costa Rica que es y sigue siendo aún territorio sin conquistar ni poblar- y presenta al P. Francisco Bajo para ser nombrado cura de Santiago. Pero ya cuando, desde 1544, la empresa de Diego Gutiérrez había fracasado con su muerte, la Villa de Santiago no existía y la Provincia de Cartago había desaparecido también.
Por ello, ni el mismo Obispo Valdivieso Álvarez, ni su inmediato sucesor en la sede de León, el obispo electo don Lázaro Carrasco (1556-1562), realizaron ninguna labor pastoral a favor de la Provincia que teóricamente se les encomendó, pues la misma sigue estando abandonada, sin explorar, ni conquistar, ni cristianizar.
Siempre debe salvarse el caso de la Península de Nicoya, que es parte de nuestro territorio actual, pero que para entonces pertenecía a la Gobernación de Nicaragua y estará bajo la directa cura pastoral del Obispo de León, como comentaremos más adelante.
Es un error entonces decir que es en esta Cédula de 1545, cuando se declara nuestro territorio parte del de la Diócesis de León, pues tal disposición se emite hasta 1565 y no antes, será hasta entonces cuando propiamente se puede hablar de la pertenencia de Costa Rica a la Diócesis de León, como veremos también después.
