Con Pedrarias Dávila (1527-1531) como primer Gobernador desde 1527, Nicaragua adquiere personalidad política propia y como consecuencia pronto adquirirá su jurisdicción en el ámbito eclesiástico, teniendo a la ciudad de León como centro político y religioso.

Es muy probable que, por interés de Pedrarias Dávila, se comenzara a gestionar ante la Corona española la creación de una Diócesis para Nicaragua, ya que esto fortalecería su posición frente a las pretensiones territoriales de los gobernadores de las vecinas Provincias de Honduras y de Panamá.

No es simple coincidencia que, bajo la gobernación de Pedrarias Dávila, el 2 de mayo de 1527, el P. Diego Álvarez Osorio, hasta ahora Chantre de la Catedral de Panamá, sea nombrado “Protector y Defensor de indios” de Nicaragua, y que, desde entonces, sea presentado para Obispo de la proyectada nueva Diócesis de la Provincia.

En estos años la Iglesia de Nicaragua da pasos acelerados en su organización eclesiástica, con el nombramiento de diversos funcionarios del naciente Cabildo. El 24 de enero de 1528, el Rey presenta para Archipreste de la Iglesia de Nicaragua, mientras se erige la diócesis y con amplias facultades, al P. Juan Jiménez. En setiembre del mismo año, el P. Alonso Yáñez de Rojas, es nombrado Arcediano del nuevo Cabildo de León; mientras que, por la Real Cédula del 2 de octubre de 1528, se reconoce su nombramiento como Provisor, es decir, como Juez Eclesiástico de la Provincia, y confirmando la designación de otros sacerdotes para las iglesias de León y de Granada. También tuvo peso en esa nueva estructuración la llegada a Nicaragua de religiosos dominicos y mercedarios y de algunos clérigos de Panamá. Se va gestando el nuevo territorio diocesano.

Aprovechamos estas noticias para explicar la conformación de los Cabildos de las Catedrales, cuyo origen se remonta a la Edad Media y que, en el anterior ordenamiento canónico de la Iglesia, era como el “senado del Obispo”, es decir, sus principales colaboradores en el gobierno diocesano. Normalmente los Cabildos estaban conformados por cinco dignidades, a saber: deán, arcediano, maestrescuela, chantre y tesorero.

El “Deán” era el canónigo que hacía de cabeza del Cabildo después del Obispo, era quien lo presidía. El “Arcediano” era el canónigo que tenía jurisdicción ordinaria sobre una parte importante de la diócesis, el título a veces se aplicaba al Vicario General. El “Maestrescuela” era el canónigo encargado de la dirección de la escuela para futuros clérigos fundada por el Obispo como dependencia de su Catedral. El “Chantre” era el encargado del cuido del canto y de los cantores. Y, el “Tesorero” era a quien le correspondía la parte relativa al manejo de los asuntos económicos. Además, cuando era posible tenerlos, se añadían el “Canónigo teologal” como responsable de la vigilancia de la rectitud doctrinal en la diócesis y el “Canónigo penitencial” con potestad delegada para levantar ciertas penas reservadas y demás asuntos penitenciales.

La “canonjía” es el beneficio o la dignidad de canónigo y la “prebenda” es la renta fija que proviene de la repartición de los ingresos del Cabildo entre los canónigos, llamados también por ello “prebendados”. Y el “Archipreste” era el presbítero, no necesariamente miembro del Cabildo, que ejercía la potestad de vigilancia sobre el clero de varias parroquias de una parte de la Diócesis o de una Gobernación civil.

Este proceso de organización eclesiástica llevó a que, por solicitud de la Corona española, el 26 de febrero de 1531 se erigiera la Diócesis de León de Nicaragua, por parte del Papa Clemente VII (1523-1534); aunque no se sabe por qué razones no se expidieron las bulas de erección en ese momento.

Por ello, será hasta el 3 de noviembre de 1534, en que Pablo III (1534-1549) -el Papa que más adelante inició el Concilio de Trento (1545-1563)-, a los pocos días después de ser elegido, emita la bula “Aequum reputamus” por la que, de manera retroactiva al 26 de febrero de 1531, confirma la erección de la Diócesis de León de Nicaragua, pero sin definir los límites de su jurisdicción, dando potestad para ello al Rey español, como es la práctica habitual.

En dicha erección no se comprende a Costa Rica, pues la jurisdicción de la nueva Diócesis se circunscribe a la Provincia de Nicaragua y a los territorios que por concesión papal la Corona española le asignara en algún momento. Aunque sí será desde Nicaragua desde donde, a partir de este momento, vendrán casi todos los futuros intentos de conquista y de cristianización de las tierras costarricenses.

En este momento ninguna jurisdicción civil ni eclesiástica, ni Panamá ni Nicaragua, tienen prerrogativas sobre nuestro territorio aún sin conquistar ni poblar -excluyendo la Península de Nicoya, que para este momento sí pertenecía jurídica y eclesiásticamente a Nicaragua-. Recordemos que las jurisdicciones civiles y eclesiásticas no se establecían automáticamente, sino que debía constar su inclusión en un determinado territorio, como de hecho se hará más adelante con Costa Rica al incluirla como parte de la Diócesis de León en 1565, de allí que mencionemos ahora su creación.